16대 총선을 앞두고 참여연대와 환경연합 등 420여개 시민단체와 함께 '2000년 총선 부패정치 청산 시민연대'(이하 총선연대)를 구성, 단체 상임집행위원장 자격으로 낙천·낙선 운동을 이끌었다. 박원순은 후보 공천반대 인사 선정 기준과 적용에 대해, 병역사항·재산변동·부패혐의, 선거법위반, 헌정질서 파괴와 반인권 행위, 의정활동 성실성, 법안·정책에 대한 태도, 반의회?반유권자적 행위등을 적용했다고 밝혔다. 선거법 87조는 선거일 20일 전부터 시작된 공식 선거운동기간 중 시민단체가 특정 후보를 지지하거나 반대하는 행위를 할 수 없도록 규정해 놓았다. 따라서 총선연대의 낙천·낙선운동은 명백한 선거법 위반이지만 총선연대는 아랑곳하지 않았다. 낙천·낙선운동이 벌어졌던 2000년 16대 총선에서 대상자 132명 중 72.3%인 102명이 낙선했다.
